出了特别的规定，由支付返利的医药生产企业（供货商）反向开具红字增值税专用发票。既由购货方填开《开具红字增值税专用发票信息表》转交销货方，销货方凭《信息表》开具红字发票。具体操作可详见国税函【2006】1279号及国家税务总局公告2016年第47号规定。（注：不适用供货商一次性支付的促销费及返利给小规模纳税人）
上例中，本来应由供应商出具红字专用发票，冲减销项税额，采购商索取红字专用发票，冲减进项税额；现实的情形却是供货商缴了冤枉税，采购商涉嫌逃税。由此可见，税收风险是企业经营的“副产品”，合同签订时对涉税条款、特别是发票的正确开具，明示于合同义务条款中，是风险防控的重点环节。
三、促销＆冤枉税
【风险指数】★★★☆☆
【风险描述】
药品零售促销频发且形式多样，常见的有打折、积分返利或换购、买A送A、买A送B 、满100送x元现金、折扣券和购物小票摇号抽奖等。
实务中，有些纳税人根据《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条第（八）项：单位或者个体工商户将自产、委托加工或者购进的货物无偿赠送其他单位或者个人的，视同销售货物的规定，将药品赠送或积分换购等按“视同销售”缴纳了税款。
【典型案例】
某医药连锁有限公司开展了积分换购药品促销活动，会员每购买1元的药品，奖励5个积分，每累积500个积分，兑换现金10元，在购药时折抵。
该公司ERP管理软件为适应积分换购促销活动，将收款方式分别设置成“现金”、“医保”、“积分换购”三种，将参加积分换购活动的会员信息输入管理系统后，系统会自动根据会员购药积累的积分兑换成相应的现金折抵购药款。若顾客索要发票，依据系统打印的购药小票按净额开据，购药小票由企业收回，月底汇总积分换购金额冲抵门店库存商品。
会员购买100元的药品，已累计500个积分，则凭系统打印的小票（分列：应收现金100元、积分兑换10元、实收现金90元），到收银台交款90元，企业账务处理如下：
借：现金 90
借：销售费用 10
贷：主营业务收入 88.50（100/1+13%）
贷：应缴增值税（销项税额）11.50（100/1+13%）×13%
从以上会计核算可以看出，该公司按100元的现金收入计算缴纳缴纳了增值税，也就是说积分换购折抵的现金10元，按视同销售缴纳了增值税，三年来，该公司积分换购部分按视同销售共计缴纳增值税120余万元。
【识别与防控】
财企[2003]95号《关于加强企业对外捐赠财务管理的通知》中规定，对外捐赠是指企业自愿无偿将其有权处分的合法财产赠送给合法的受赠人用于与生产经营活动没有直接关系的公益事业的行为。
赠送是指出于感情、敬慕、崇拜、仁慈或其他冲动而做出的无私慷慨行为。赠送是赠与人向受赠人的财产转移，而不是出于追求利润的动机。
“无偿赠送”行为须“视同销售”来履行纳税义务，其立法的意图是为了防止利用“赠送形式”来规避“销售实质”所负的纳税义务，而不是为了对市场主体的经营活动进行行政干预。积分换购实质是出于商品促销、追求利润动机，是特殊形式的商品价格折让，在销售药品的同时，积分兑换了现金折抵了部分购药款。积分换购产生于此前的已税销售收入，应将积分换购赠送的药品理解为是原已税收入的一部分，其所隐含的利益在此前已经实现。不属于《增值税暂行条例实施细则》所规定的无偿赠送行为，所以无需视同销售行为缴纳增值税。
上述实例中，纳税人缴了120余万元的冤枉税。正确的风险应对策略是， 以销售货物为前提的所谓赠送，都不应再征税，缴了冤枉税也是风险的变现。
税法既尊重商业的外观形式，又要遵循实质课税原则，准确定性经济交易才是征税的核心。
四、ERP管理＆涉税数据链吻合
【风险指数】★★★☆☆
【风险描述】
针对医药企业的特殊性，国家出台了一系列行业管理规定，如《药品生产质量管理规范》、 《药品经营质量管理规范》（GMP/GSP管理）等；另一方面，医药企业销售过程中的物流和资金流比较复杂，大量的数据需要处理，都必须要采用ERP系统管理。
对近年来ERP管理涉税问题收集梳理，主要税收风险点如下：
1、对管理系统电子数据进行屏蔽，有意删除部分交易记录，收入体外循环；
2、伪造、隐瞒真实药品购销存记录、票据、凭证等，经营行为无法追溯；
3、购销药品时，证（许可证书）、票（发票、随货同行单）、账（实物账、财务账）、货（药品实物）、款（货款）相关数据链不吻合；
4、部分交易游离于ERP管理之外，设立账外账，使用个人银行卡进行货款结算。
【典型案例】
S市税务局大企业风险管理团队，到某医药连锁有限公司开展税务审计，制定了“四个关注”的工作原则，既关注企业行业特征及内控流程、关注ERP管理系统涉税数据、关注企业内部涉税数据链的吻合、关注企业外部第三方涉税信息。
通过ERP管理系统与企业账簿当年数据比对，发现ERP管理系统库存药品余额为5000余万元，而财务库存药品账余额为6800余万元，企业存在因收入不入账体外循环，未及时结转药品成本的重大风险点。
【识别与防控】
1、信息化建设中，数据的产生、流转到财务报表编制及纳税申报表生成应形成完整的链条，减少人为干预，避免舞弊和数据差错。
2、企业应开展日常税收风险筛查，检查ERP管理系统与增值税发票开票系统、 财务系统数据是否吻合匹配；随机抽查、盘点部分药品与系统数据核查是否相符；提取ERP系统数据与金三系统关联数据进行比对分析。
五、医保划卡＆第三方信息
【风险指数】★★☆☆☆
【风险描述】
医保划卡销售回款流程：由社保局即时对医保划卡收入进行微机联网监控，定点药店于每月5日前向社保局医保中心结算科申报上月《定点零售药店药品销售费用情况申报表》，经核对后，凭结算单报市财政部门审批，然后由统筹帐户将医保划卡收入划给定点药店。
医保信息系统软件，对很多功能进行了限制，使得医保划卡收入在定点药店和社保局均被保存下来，这就为税务机关检查医药零售企业提供了真实准确的第三方数据。
两个较极端的案例令人印象深刻，某医药零售连锁公司医保划卡收入占总收入的比例近80%，经税务稽查确认，大量的现金收入不申报纳税；另一零售连锁公司医保定点分店， 账内却从未核算记载过医保划卡收入。
【典型案例】
某市税务局风控管理团队在大数据分析中发现，在医药零售业的全部收入中，医保卡刷卡收入约占50%，银行卡刷卡收入约占30%，现金收入约占20%。了解到这重要信息后，市税务局及时与社保部门联系，得到了这些部门的支持和大力配合，向税务局提供了全市446家医保定点药店当年的分户刷卡收入记录，共计2.5亿元。同时，税务机关与市人民银行联系协调，获得了52家药店近亿元的银行卡刷卡收入信息。
通过信息比对确认，隐匿销售收入超过100万元的达13户，如开发区某大药房，当年仅申报销售收入9万元，隐匿销售收入383万元；某医药零售连锁分店，当年仅申报销售收入12万元，隐匿销售收入380万元。
【识别与防控】
医保划卡收入过高或过低，都具有较大的税收风险。过高可能存在现金划卡收入未如实申报纳税，过低可能存在医保划卡收入未如实申报纳税。医保划卡收入占比，因各地医保水平不一、比例有所不同，但也应该有个合理的区间。
数据统计分析表明，坐落在医保水平较高的一线城市、省会城市、发达城市的医药零售连锁药店，医保划卡收入占比会高一些。笔者曾做过调查，本省S市某医药零售连锁企业（20家分店）医保划卡收入平均占比为58%，本省F市某医药零售连锁企业（90家分店）医保划卡收入平均占比为54%，北方某工业大省近三年来医药零售连锁医保划卡收入平均占比为62%，一般而言，医保划卡收入占比在50%—60%的区间内较为合理。
简而言之，医药零售企业应根据医保划卡收入的纳税义务发生时间如实申报。
六、发票开具＆比例分析
【风险指数】★★☆☆☆
【风险描述】
医药零售连锁企业发票开具占比，是个非常重要的风险预警指标。随着医保水平的提高，发票的报销功能日趋弱化，索要发票的人数也逐渐较少。某市内控水平较高的医药连锁企业，2019年上半年销售开票占比为5.75%，全年销售开票占比仅为4.56%。发票开具占比高，意味着未开票收入体外循环的风险也较大。
【典型案例】
税务稽查人员到某医药零售连锁企业检查，发现了三件“怪事”：一是有的分店只核算开发票的收入；二是有的医保定点分店账内从未核算过医保划卡收入；三是医保划卡结算账户设在某分店，年度终了单独将该分店注销。这三件“怪事”相当于已告知税务机关企业未开发票收入、医保划卡收入体外循环。
【识别与防控】
从税收风险应对的策略上讲，医药零售连锁企业要事前创建一个“定位”，这个“定位” 就是要保证收入比例结构的真实合理，一是医保划卡收入的占比要真实合理，二是开发票收入的占比要真实合理。
来源：税法脑立方