实务中，会遇到这种情况：纳税人取得的发票，其上游开票方主管税务机关出具《已证实虚开通知单》，下游受票方企业主管税务机关由此立案对受票方企业进行检查，检查后，得出的结论是：受票方善意取得，此时，税务机关会要求受票方企业将相应的进项税额转出，涉及补缴税款的，依法追缴，且不加收滞纳金。

那么，这种善意取得增值税专用发票，相应的进项税额转出补缴增值税，是否会受到追征期的限制呢？关于追征期，征管法有相应的规定，如果纳税人少缴税款的行为被定性为偷税，则不受追征期限制，即追征无限期，除此之外，则受到追征期限制，最长为五年。

税务机关通过调查确认，纳税人是善意取得，此种情况下，《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发[2000]187号）明确，购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。既然不定性为偷税，按征管法的相关规定，自然会受到追征期限制。即：抵扣税款所属期相应的申报期结束后的次日至检查通知书送达之日（该日期无明确规定，法律界有不同理解，有的认为应当是两书送达之日），时间如果超过三年（累计数额10万元以上的为五年），则税务机关不应再追缴相应的税款。

实务中，税务机关对善意取得，有时也拿捏不准，我个人认为，在上游税务机关出具《已证实虚开通知单》情形下，下游税务机关检查定案时，依据行政诉讼案件的证据标准（明显优势证据标准），基于穷尽手段所提取的证据，依旧无法定性为虚开时，只能退而求其次，定性为善意取得（注意：此时是基于证据，并不一定是客观事实）。