实际上，由于各种客观原因，企业获得的增值税专用发票有两种现象：一种是认证期限已过(从收到增值税专用发票之日起360天内)。第二，虽然获得了认证，但没有进行纳税申报扣除。在这两种情况下，都可能给企业增加增值税负担。如何巧妙处理上述两种增值税专用发票现象，使企业扣除增值税进项税，从而减轻企业的增值税负担？超类型分析如下：

(一)认证未申报扣除和认证期满的增值税专用发票的涉税风险：

1.不能扣除增值税进项税额，这将导致企业缴纳更多的增值税

企业取得的增值税专用发票，如果发生认证未申报扣除和认证期限(增值税专用发票收到日期后360天内)，企业将不会享受增值税进项税扣除的税收待遇，从而导致企业缴纳更多的增值税。

2、会造成税务调查的风险。

超过认证期限的增值税专用发票，企业财务一般会将未扣除的增值税进项税额从直接成本中扣除，在企业所得税之前扣除。但是，取得VAT专用发票的发票取得者超过了VAT专用发票360天的认证期限，没有扣除VAT进项税的认证，但VAT专用发票的开票者已经申报缴纳VAT销项税，因此出现了所谓的“滞留发票”(肖泰水灾财税工作室：公共微信号：xtstax温馨提示：滞留)现象。出现“滞留发票”会引起税务调查机关的关注，对企业税务审计造成风险。

(二)未申报未认证扣除的增值税专用发票的涉税处理。

1.必须允许纳税人申报增值税进项税额抵免的两个条件

“根据国家税务总局关于限期内增值税抵扣证明相关问题的公告(国家税务总局公告2011年第78号)，增值税一般纳税人取得的增值税纳税证明已经认证或收集了申报的信息，但没有按照规定的期限申报抵扣。实行纳税辅导期间管理的增值税一般纳税人和海关进口增值税专用缴纳书实行“优先匹配后扣除”管理方法的增值税一般纳税人，取得的增值税退税证明审计匹配结果一致，但未按规定期限申报扣除的，必须同时满足以下两个条件：要经过主管税务机关的审查，让纳税人继续申报进项税抵扣。这两个条件是：

(1)发生了实际交易。

(2)符合以下情况的客观原因。

第一，由于自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因，增值税纳税凭证没有如期申报。

二、有关司法、行政机关在业务处理或检查中扣押、封存纳税人帐簿资料，使纳税人无法按期办理申报手续。

三、税务机关信息系统、网络故障，纳税人未能及时收到认证结果通知书或审计结果通知书，未能及时处理申报扣除。

第四，因企业税人员伤亡、突发危重病或擅离职守，未能办理交接手续，未能按期申报扣款。

五、国家税务总局规定的其他情况。

2、允许纳税人申报增值税进项税抵扣的操作要点。

按照《未按期申报抵扣增值税扣税凭证抵扣管理办法》规定，允许未申报增值税进项税抵扣的增值税一般纳税人申报增值税进项税抵扣的操作要点如下：

(一)向主管税务机关申请办理扣款手续。

(2)纳税人申请扣除时，应提交以下资料。

《未按期申报抵扣增值税扣税凭证抵扣申请单》(申请书从国家税务总局管理处网站的《未按期申报抵扣增值税扣税凭证抵扣管理办法》文件后面下载)。

《已认证增值税扣税凭证清单》。

增值税退税证明未按期申报扣除的情况说明。纳税人要详细说明未能按期申报扣款的原因，并加盖企业印章。对于客观原因，不包括第三方的纳税人需要说明的情况如下：

发生自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因的，纳税人应当详细说明发生自然灾害或社会突发事件的时间、影响地区、对纳税人生产经营的实际影响等。企业税收人员擅自离职、未办理交接手续的，纳税人应当详细说明工作的经过、税务机关名称、离职时间等，并提供解除劳动关系合同和企业内相关处理的决定。

对于与客观原因相关的第三方，必须提供第三方证明或说明。具体如下：

企业税人员伤亡或者突发危重疾病的，应当提供公安机关、交通管理部门或者医院证明。相关司法行政机关在业务或检查中扣押、封存纳税人帐簿资料，纳税人未能如期办理申报手续的，应当提供相关司法行政机关证明。税务机关信息系统或网络故障导致纳税人增值税纳税证明未能按期申报扣除的，应由主管税务机关确认。

未按期申报增值税抵扣证明复印件。

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（三）已过认证期的增值税专用发票的涉税处理

1、允许纳税人申报抵扣增值税进项税额必须同时满足的两个条件

根据《国家税务总局关于逾期增值税扣税凭证抵扣问题的公告》（国家税务总局公告2011年第50号）第一条和《国家税务总局关于进一步优化增值税、消费税有关涉税事项办理程序的公告》（国家税务总局公告2017年第36号）第一的规定，增值税一般纳税人取得的增值税扣税凭证（包括增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书和机动车销售统一发票）未能按照规定期限办理认证、确认或者稽核比对的，经主管税务机关核实、逐级上报，由省国税局认证并稽核比对后，对比对相符的增值税扣税凭证，允许纳税人继续抵扣其进项税额，必须同时符合以下两个条件：

（1）发生真实交易；

（2）符合以下几种情况的客观原因：

第一，因自然灾害、社会突发事件等不可抗力因素造成增值税扣税凭证逾期；

第二，增值税扣税凭证被盗、抢，或者因邮寄丢失、误递导致逾期；

第三，有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，纳税人不能正常履行申报义务，或者税务机关信息系统、网络故障，未能及时处理纳税人网上认证数据等导致增值税扣税凭证逾期；

第四，买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证，或者纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期；

第五，由于企业办税人员伤亡、突发危重疾病或者擅自离职，未能办理交接手续，导致增值税扣税凭证逾期；

第六，国家税务总局规定的其他情形。

2、允许纳税人申报抵扣增值税进项税额的操作要点

根据《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》的规定，增值税一般纳税人取得的增值税专用发票，由于发生真实交易但因客观原因导致了增值税专用发票已过360天的认证期，允许申报抵扣增值税进项税额的操作要点如下：

（1）可向主管税务机关申请办理逾期抵扣。

（2）纳税人申请办理逾期抵扣时，应报送如下资料：

①《逾期增值税扣税凭证抵扣申请单》（申请单样式在国家税务总局管方网站的《逾期增值税扣税凭证抵扣管理办法》文件的后面下载）；

②增值税扣税凭证逾期情况说明。纳税人应详细说明未能按期办理认证、确认或者稽核比对的原因，并加盖企业公章。其中，对客观原因不涉及第三方的，纳税人应说明的情况具体为：

发生自然灾害、社会突发事件等不可抗力原因的，纳税人应详细说明自然灾害或者社会突发事件发生的时间、影响地区、对纳税人生产经营的实际影响等；纳税人变更纳税地点，注销旧户和重新办理税务登记的时间过长，导致增值税扣税凭证逾期的，纳税人应详细说明办理搬迁时间、注销旧户和注册新户的时间、搬出及搬入地点等；企业办税人员擅自离职，未办理交接手续的，纳税人应详细说明事情经过、办税人员姓名、离职时间等，并提供解除劳动关系合同及企业内部相关处理决定。

③客观原因涉及第三方的，应提供第三方证明或说明。具体为：

企业办税人员伤亡或者突发危重疾病的，应提供公安机关、交通管理部门或者医院证明；有关司法、行政机关在办理业务或者检查中，扣押增值税扣税凭证，导致纳税人不能正常履行申报义务的，应提供相关司法、行政机关证明；增值税扣税凭证被盗、抢的，应提供公安机关证明；买卖双方因经济纠纷，未能及时传递增值税扣税凭证的，应提供卖方出具的情况说明；邮寄丢失或者误递导致增值税扣税凭证逾期的，应提供邮政单位出具的说明。

④逾期增值税扣税凭证电子信息；逾期增值税扣税凭证电子信息格式如下：

⑤逾期增值税扣税凭证复印件（复印件必须整洁、清晰，在凭证备注栏注明“与原件一致”并加盖企业公章，增值税专用发票复印件必须裁剪成与原票大小一致）。