激烈的纠纷首先发生在鲁迅、顾志刚、傅斯年三人之间。
傅斯年到中山大学时，鲁迅正在该校任教务主任兼中文系主任。此前，鲁迅在北平经历了著名的“女师大风潮”，并与陈源（西滢）、徐志摩等现代评论派展开了一场混战，夹在其间的胡适也被鲁迅视为敌人而遭到咒骂，二人关系宣告破裂并逐渐恶化。也正是由于陈源、徐志摩以及鲁迅认为的后台老板胡适等西洋“海龟”与之交锋对垒，鲁迅对胡适等留学欧美的所谓“洋绅士”，以及胡的弟子顾颉刚之类热衷于在研究室内搞考据的学院派都没有好感。更因此前有人揭露说鲁迅的《中国小说史略》是“窃取”日本学者盐谷温的《支那文学概论讲话》，顾颉刚亦持此观点，并与陈源谈及此事。陈氏一听立感奇货可居，正是攻击鲁迅的好机会，便写了一封揭发信，由徐志摩编辑发表于1926年1月30日《晨报副刊》。疑心甚重又疾恶如仇的鲁迅看到陈源的公开信后，反应异常激烈，立即写了《不是信》的长文予以反驳。为此，鲁、陈之间再度展开了一场论战。就在这场论战中，鲁迅对陈源、徐志摩，还有躲在背后撑腰的胡适怀恨在心，同时与他认为躲在背后的“阴谋家”顾颉刚也结下了不共戴天之仇。直至“三一八”惨案发生，鲁迅遭到北洋政府缉捕，不得不设法离开北京赴南方暂避。1926年8月2日，鲁迅最后一次前往女师大领取薪水，随后告别了这座浸染着他满腔激情与血泪的学府，悄然隐去。
不久，鲁迅受好友林语堂邀请，离开北京赴厦门大学任教。鲁迅抵厦门大学不久，顾颉刚也受时任文科主任兼国学研究院筹备主任的林语堂之邀来到厦大任国学研究院研究教授兼国文系名誉讲师。鲁迅一见顾氏到来，眼里冒火，很快二人就演化成势不两立的寇仇。鉴于层层盘根错节的矛盾，誓不愿与顾颉刚等一路人为伍的鲁迅辞职离开厦门，于1927年1月18日抵达广州中山大学，出任教务主任兼中文系主任。
傅斯年受聘中山大学并出任文科学长后，对鲁迅渐生厌恶之感，遂力主聘请北大时代的同窗好友顾颉刚到中大任教，其主要任务是“办中国东方语言历史科学研究所，并谓鲁迅在彼为文科进行之障碍”。意在架空鲁迅，扫除障碍。鲁迅一听顾颉刚要来中大，知道是傅斯年等人合谋设下的圈套，顿时火冒三丈，疾言厉色地对前来商量的傅斯年道：“他来，我就走！”此举令傅深为尴尬与不快，但傅斯年以他敢作敢为的作风，顶着鲁迅的巨大压力，最终把顾颉刚请进了中大。鲁迅眼见自己竟成了一个“大傀儡”，于1927年4月21日辞职离开广州，携许广平赴上海开始了公开同居生活。
那么，到底鲁迅为何对顾颉刚如此痛恨呢？关于鲁迅与顾颉刚交恶的原因有多种说法，按照研究者孙玉祥的最新发现，认为在“盐谷一案”中，此前普遍流传的“顾颉刚误认陈源之说”是一种误导，从陈、顾二人的知识背景上说不过去。按孙的说法：陈源乃留英博士，对国学或东洋（日本）学问不太在行，因而不太可能知道鲁迅的《中国小说史略》与日本人盐谷温的《支那文学概论讲话》有何关系，进而“造谣”说“抄袭”。而专弄国学的顾颉刚显然比陈内行也更有资格。其次，如果是“顾颉刚误信陈源之说”，鲁迅骂陈源当比骂顾颉刚更厉害，可事实并非如此。
于是，孙玉祥认为：鲁迅恨顾颉刚比恨陈源厉害，是因为谣言的制造者比谣言的传播者更可恨。说鲁迅的名著《中国小说史略》“抄袭”了日本人盐谷温的《支那文学概论讲话》的传播者虽然是陈源，可制造者却是顾颉刚。即不是“顾颉刚误信陈源之说”而是“陈源误信了顾颉刚之说”。按孙氏的推理，这一结论除了逻辑的合理性外，还有一个直接证据，这便是顾颉刚之女顾潮撰写的传记文学《历劫终教志不灰——我的父亲顾颉刚》一书。书中写道：“其实父亲与鲁迅的交往并不多，但为什么会成为鲁迅笔下的阴谋家、不共戴天的仇敌？”顾潮的解释是：由于法日派与英美派“海龟”们的相互撕咬纠缠，使并未出国放洋的本土学者顾颉刚夹在中间颇有“两姑之间难为妇”之感。随着两派激烈交锋斗法，顾最终倒向了胡适阵营，成为鲁迅笔下的“胡适之先生之门人们”。鲁迅与陈源因“女师大风潮”结怨后，顾又以“盐谷一案”卷了进来。顾潮说：“鲁迅作《中国小说史略》，以日本盐谷温《支那文学概论讲话》为参考书，有的内容是根据此书大意所作，然而并未加以注明。当时有人认为此种做法有抄袭之嫌，父亲亦持此观点，并与陈源谈及，1926年初陈氏便在报刊上将此事公布出去。随后鲁迅于2月1日作《不是信》，说道：‘盐谷氏的书，确是我的参考书之一，我的《小说史略》二十八篇的第二篇，是根据它的，还有论《红楼梦》的几点和一张‘贾氏系图’，也是根据它的，但不过是大意，次序和意见就很不同。’为了这一件事，鲁迅自然与父亲结了怨。”
正是根据顾潮这段记载，孙玉祥得出了如下的结论：“出面传播谣言的虽然是陈源，而制造者却是顾颉刚。这样，我们就明白为什么鲁迅对顾颉刚如此愤恨，以至于不惜在信件和小说中对其进行‘人身攻击’的原因了：其一，对于一个学者来说，被别人判为抄袭者几乎就意味着他学术生命的完结。所以，鲁迅对造谣的顾颉刚深恶痛绝而对其酒糟鼻子进行没完没了的攻击，对传播这个谣言的陈源也谓之‘谎狗’！其二，鲁迅所以特别恨顾颉刚，还因为他是一个‘阴谋家’：自己造谣不公开，却叫陈源在报上唧唧喳喳。这特别让人感到愤恨而无奈。”
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