龟鳖目有两个亚目从中生代一直延续到现代，与其祖先类型没有太大的变化。分别为曲颈龟亚目（Cryotodira）和侧颈龟亚目（Pleurodira）。龟的生物学分类在学术界尚有争议，主要分类情况如下：
曲颈龟
辖4总科11科。包括现存的大多数龟鳖类，分布广泛，陆地、淡水和海洋中均能见到。
1．海龟总科（Chelonioidea）1科。（海龟科）；
2．棱皮龟总科（Dermoochelyoidea）1科（棱皮龟科）；
3．鳖总科（Trionychoidea）2科（鳖科、两爪鳖科）；
4．龟总科（Testudinoidea） 7科（泽龟科、潮龟科、鳄龟科、平胸龟科、陆龟科、泥龟科、动胸龟科）。
侧颈龟
辖2科。侧颈龟亚目颈部侧向折回壳内，现主要为南半球的淡水龟类，史前分布较广泛，我国有化石。
1．侧颈龟科（Pelomedusidae）。现分布于非洲和南美洲的侧颈龟类，其中一种分布到了阿拉伯半岛。
2．蛇颈龟科（Chelidae）。现分布于大洋洲和南美洲的侧颈龟类，有些种类颈部很长，我国有化石。最著名的品种有长颈龟、玛塔龟。
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