名侦探柯南原名工藤新一,是一个高中生名侦探,在一次追查一个穿黑衣歹徒行径时,被设计强迫吃下毒药而致身体缩小成一个国小学生模样,为了使自己身体回复原状,计诱歹徒现身找到解药,工藤新一于是开始设法隐藏身份。
有一天他在阿笠博士的家中恰好看到了书架上的江户川乱步 全集,而他爸爸又是柯南道尔的书迷,于是灵感一动,就以江户川柯南之名来掩饰身份。他住进女友小兰家里,想找出那些害他变小的黑衣人,又结识吉田步美等人,组成少年侦探团,并与大坂的高中生侦探服部平次成为好友。后药物设计者与他同样变小的灰员哀也加入进来,至今仍在寻找黑衣组织。