辜氏是一个多源流的姓氏群体，但在今中国大陆的姓氏排行榜上未列入百家姓前五百位，在台湾省则名列第一百二十八位。

第一个渊源：源于子姓，出自唐朝时期江南道观察使林正，属于帝王赐姓改姓为氏。辜氏始祖为林正，字达中，生于隋炀帝大业六年(公元610年)，原姓林，为殷商比干之子林坚的后裔，闽晋安林氏始祖林禄之十三世裔孙林孝诚(字允谦)之孙。其家世居福建莆田太平村永定里(今福建莆田尊贤里北螺村)。林正在二十二岁中举人，在唐太宗李世民贞观八年(公元634年)甲午科进士及第，授江南道观察使(辖今浙江、江西、湖南等地)。林正在任期间励精图治、兴学校、除苛政、廉正爱民，是应贞观之治。

唐贞观十五年(公元641年)，江南道大旱，民不聊生。林正悯民饥苦，不及禀奏朝廷，便毅然下令开官仓放粮赈济饥民。当地豪绅乘机构陷，事闻于朝，唐太宗起初大怒，诏令将林正逮捕下狱法办。江西百姓闻讯，不忍林正蒙受冤屈，联名上万民表与朝廷，代其辩冤。唐太宗派人调查，方知林正真的是个清官，是坏人对他罗织构陷，便即下诏放林正出狱，并传他上京陛见。陛见之后，唐太宗先对林正进行一番抚慰，又自我检讨，说：“卿乃无辜受罪，今赐卿姓为‘辜’。”唐太宗虽然贤明，但仍脱不了动不动就给臣属赐姓的习惯，不过以往都是对有功之臣赐以李姓以表示亲近。这一次，因为林正差一点无辜丧命，因此就赐他以辜为姓，昭其“辛苦”之德，合二字为一，是为“辜”氏，是为该支林氏辜姓的始祖。在起初，大家还是以“辜林”称呼这个新生的姓氏，对林正也是以“辜林正”称呼之，后来就干脆把林字去掉了。林正成为辜正，成为辜氏得姓始祖。帝王赐姓，全族荣耀，因此该支林氏家族皆改为辜氏，世代相传至今。

辜正告老后，没有回莆田老家，而是继续定居于江西南昌地区。在他逝世后，当地百姓为其建嘉德祠以表怀念。辜氏族人大多尊奉辜正(林正)为得姓始祖。

第二个渊源：源于妫姓，出自宋朝时期福建厦门同安陈氏渔民，属于避难改姓为氏。该支辜氏先祖本姓陈，世代在福建厦门同安捕鱼为生。到陈敦源时，因酒醉失手伤人，为避官府缉拿，携带家眷远渡南洋，最后在马来半岛的槟榔屿落户，成为伐榛辟莽、开垦这块蛮荒之地的华人前驱，旅居时间比英国人还早。

事过境迁，陈敦源痛定思痛，罪疚之心难以释怀，于是干脆改姓“辜”，以示悔罪之意，从此传下一支辜氏家族。在辜敦源(陈敦源)的后裔子孙中，有清末民初拥有十三个博士头衔的著名北京大学教授辜鸿铭。 第三个渊源：源于官位，出自西周时期祭祀执疈辜，属于以官职称谓为氏。执疈辜，简称执疈、或执辜，是西周初期就设有的一种官职，专职掌管在盛大祭祀活动中对牺牲的处置，隶属于春官府司管辖。“辜”，在古代祭祀时分裂牲畜肢体的过程就称作“辜”，也就是“磔”；而“疈”，则是剖开牲畜身体的过程，与“副”的含义是一样的。因此，执疈辜实际上就是官家屠夫的官称，只不过执疈辜只负责宗室祭祀活动中的牲畜宰杀、处置，并按规定和要求将牲畜的各个部位予以剖解，安置在祭祀台上的指定位置。这在典籍《周礼·春官·大宗伯》中有记载：“以疈辜祭四方百物。注：疈，披牲胷也。疈辜，披磔牲以祭也。”

执疈辜这一官职多为其后裔子孙世袭，很早即有以其官职称谓为姓氏者，且非常受社会上人们的尊畏，称执疈辜氏、执疈氏、执辜氏，后皆省文简改为单姓执氏、疈氏、辜氏、宰氏、屠氏等，世代相传至今，是非常古早的姓氏之一。