《创世纪》第6章到第9章记载了诺亚方舟的故事。创造世界万物的上帝耶和华见到地上充满败坏、强暴和不法的邪恶行为，于是计划用洪水消灭恶人。同时他也发现，人类之中有一位叫做诺亚的好人。《创世纪》记载：“诺亚是个义人，在当时的世代是个完全人”。耶和华神指示诺亚建造一艘方舟，并带着他的妻子、儿子(闪、含与雅弗)与媳妇。同时神也指示诺亚将牲畜与鸟类等动物带上方舟，且必须包括雌性与雄性。
当方舟建造完成时，大洪水也开始了，这时诺亚与他的家人，以及动物们皆已进入了方舟。《创世纪》如此形容洪水刚开始的景况：“当诺亚六百岁，二月十七日那一天，大渊的泉源都裂开了，天上的窗户也敞开了。四十昼夜降大雨在地上”。洪水淹没了最高的山，在陆地上的生物全部死亡，只有诺亚一家人与方舟中的生命得以存活。
在220天之后，方舟在阿勒山附近停下，且洪水也开始消退。又经过了40天之后，阿勒山的山顶才露出。这时诺亚放出了一只乌鸦，但它并没有找到可以栖息的陆地。7天之后诺亚又再次放出鸽子，这次它立刻就带回了橄榄树的枝条，诺亚这时知道洪水已经散去。又等了7天之后，诺亚最后一次放出鸽子，这次它便不再回方舟了。诺亚一家人与各种动物便走出方舟。
离开方舟之后，诺亚将一只祭品献给神。耶和华闻见献祭的香气决定不再用洪水毁灭世界，并在天空制造了一道彩虹，作为保证。在《创世纪》中，神如此保证：“我使云彩盖地的时候，必有虹现在云彩中，我便纪念我与你们和各样有血肉的活物所立的约，水就再不泛滥、毁坏一切有血肉的物了”。
在外高加索一带，曾有不少地方声称是诺亚方舟停泊之地，或有相关的民间传说在流传，当中比较著名的有纳希契凡。
2000年代初，香港的基督教学术演讲者梁燕城在考证过当时流行的传说，以及当时流传的卫星图片，断定方舟最后在土耳其及亚美尼亚边境的阿勒山山顶停下。为解开方舟之谜，基督教的诺亚方舟国际事工自从首支华人探索队于2004年首次登山寻找方舟后，计划进行方舟探索。2006年8月，一名库尔德族的探索家于阿勒山上一个洞内发现不明物体，怀疑是木块。他立刻联络相熟的香港探索队队员，并于9月把样本送往香港作科学分析。香港大学地球科学系应用地球科学中心对该样本进行岩相分析，鉴定它为石化木结构。香港的马湾公园馆内的导览册子根据这个研究把诺亚方舟当作历史看待，引来外界不满。
2010年4月28日国外媒体报道，香港和土耳其的探险队员表示，他们在土耳其东部的阿勒山附近找到了传说中的诺亚方舟的船身残骸，测试发现这些残骸的年代可以追溯至4800年前，即《创世纪》中所描述的诺亚方舟的存在时期。香港导演杨永祥说：“虽然我们不能百分之百确定它就是诺亚方舟，但可能性达到99.9%。”。但这种说法也受到英国牛津大学古代史讲师尼古拉斯?普塞尔质疑，他说：“如果公元前2800年欧亚大陆已被3000多米深的洪水所覆盖，在那之前已存在数个世纪的埃及和美索不达米亚文明如何可以生存?”。
2010年5月1日有一位叫 Randall Price 的宗教教授称影音是伪造(this is all reported to be a fake)。他的电邮指出相片全是在黑海某地拍摄，在2008年夏天有10名库尔德人告诉他，一名中国人委聘的向导，聘请他们把黑海附近的木梁搬到阿勒山山洞。
方舟之谜
(一) 诺亚方舟的出处
诺亚方舟(Noah‘s Ark)是出自圣经《创世记》中的一个引人入胜的传说。由于偷吃禁果，亚当夏娃被逐出伊甸园。亚当活了930岁，他和夏娃的子女无数，他们的后代子孙传宗接代，越来越多，逐渐遍布整个大地。此后，该隐诛弟，揭开了人类互相残杀的序幕。人类打着原罪的烙印，上帝诅咒了土地，人们不得不付出艰辛的劳动才能果腹，并且因着堕落的本性人的怨恨与恶念与日俱增。人们无休止地相互厮杀、争斗、掠夺，人世间的暴力和罪恶简直到了无以复加的地步。
上帝看到了这一切，他非常后悔造了人，对人类犯下的罪孽心里十分忧伤。上帝说：“我要将所造的人和走兽并昆虫以及空中的飞鸟都从地上消灭。”在罪孽深重的人群中，只有诺亚在上帝眼前蒙恩。上帝认为他是一个义人，很守本分;他的三个儿子在父亲的严格教育下也没有误入歧途。诺亚也常告诫周围的人们，应该赶快停止作恶，从充满罪恶的生活中摆脱出来。但人们对他的话都不以为然，继续我行我素，一味地作恶享乐。
上帝选中了诺亚一家：诺亚夫妇、三个儿子及其媳妇，作为新一代人类的种子保存下来。上帝告诉他们要用洪水实施大毁灭，要他们用歌斐木造一只方舟，分一间一间的造，里外抹上松香。这只方舟要长300肘、宽50肘、高30肘。方舟上边要留有透光的窗户，旁边要开一道门。方舟要分上中下三层。他们立即照办。
上帝看到方舟造好了，就说：“看哪，我要使洪水在地上泛滥，毁灭天下，凡地上有血肉、有气息的活物无一不死。我却要与你立约，你同你的妻子、儿子、儿媳都要进入方舟。凡洁净的畜类，你要带七公七母;不洁净的畜类，你要带一公一母;空中的飞鸟也要带七公七母。这些都可以留种，将来在地上生殖。”
2月17日那天，诺亚600岁生辰，海洋的泉源都裂开了，巨大的水柱从地下喷射而出;天上的窗户都敞开了，大雨日夜不停，降了整整40天。水无处可流，迅速地上涨，比最高的山巅都要高出15肘。凡是在旱地上靠肺呼吸的动物都死了，只留下方舟里人和动物的种子安然无恙。方舟载着上帝的厚望漂泊在无边无际的汪洋上。
上帝顾念诺亚和方舟中的飞禽走兽，便下令止雨兴风，风吹着水，水势渐渐消退。诺亚方舟停靠在亚拉腊山上。又过了几十天，诺亚打开方舟的窗户，放出一只乌鸦去探听消息，但乌鸦一去不回。诺亚又把一只鸽子放出去，要它去看看地上的水退了没有。
这就是“诺亚方舟”故事的由来，虽然是个传说，但由于《圣经》中记载的很多事情都被证实是真实的，譬如，在一次战争中，一位军官根据《圣经》中的记载，成功地找到了大山里的一条秘密小道，并通过这条小道突然出现在敌人面前，取得巨大胜利。如果能证明“诺亚方舟”也是真实的，那么这个发现肯定将在全世界引起轰动。所以，很多年以来，许多国家的圣经考古学家都希望揭开这个千古之谜。
(二)方舟也许搁浅在面向黑海的山坡上
由《圣经》的记载来推算，方舟是一只排水量四万三千吨的巨大木箱。按《创世记》第八章所载， 方舟最后停靠在土耳其东部的亚拉腊山上。过去虽有不少方舟被发现的传言出现，但都仅止于传言。
近年来，有一种说法，认为方舟搁浅在亚拉腊山脉面向黑海的一个山坡上，而且很可能因为黑海水位暴涨而沉入黑海海底，这个说法引起了美国深海探险家罗伯特·巴拉德博士的高度兴趣，他在接受媒体采访表示，“诺亚方舟”的故事从小就深深地吸引了他，特别是他在深海探险方面取得一定成就后，只要一提起方舟，就激动不已。他希望自己有机会探寻方舟的下落。所以当听说“方舟可能沉入黑海海底”这个大胆的推测后，他决定亲自到黑海去探个究竟。
巴拉德曾在地中海海底找到古罗马帝国和腓尼基的船只，假如他能在黑海底寻获方舟，这将 会是一件轰动全球、甚至载入史册的重大发现。
假如方舟沉入黑海海底那么它可能完好如初
在近东和中东一带的古文明，都有关于大洪水的记载，古巴比伦、希腊及罗马也有类似诺亚一家人获救的故事流传，但地质学家从未发现全球性大洪水的证据。有人认为诺亚方舟不过是一项古老的传说，然而科学家却根据黑海一带的自然环境推断，当地的确可能发生过毁灭性的大 洪水。
科学家推算地球一次冰河时期，是在一万二千年前达到巅峰，那时全球海平面要比现在低很多，而黑海只是一个淡水湖，与地中海间隔着一个天然的堤坝，这个堤坝横跨今天土耳其境内 的博斯普鲁斯海峡。
随着各地冰河融解消褪，全球海平面跟着升高，而地中海与黑海的水位落差，逐渐被拉大到500米左右。后来，可能是一场大雨或一场地震，使两者间的堤坝垮掉，地中海的海水以200倍于尼加拉瀑布的水量及冲力涌入黑海;两年后，地中海和黑海的水位才达到平衡。
黑海和地中海虽有一个水道相通，但黑海基本上是个封闭的水域，多瑙河、聂伯河及顿河的水不断流入黑海，在它的上层形成一个淡水带，在这个区域内有丰富的鱼产和其他生物，黑海下层则是咸水带，这个咸水带不同于一般海洋下层有海流相通，而是呈停滞状态，因而形成了特殊的“无氧”环境。理论上，在这种无氧环境下几乎不可能有生物存在，所以任何物品、沉船甚至人体遗骸一旦下沉到这个水域，就好像被扔进一个真空储物柜一样，永远不会腐烂。按圣经所载，方舟是用“歌斐木”造的，假如方舟最后落到黑海海底，那么它可能完好如初。
异物照片
诺亚方舟1919年，公众终于见到了第一张诺亚方舟的照片：这张照片是由俄国飞行员罗斯科维斯基拍摄的，上面可以隐约看出冰川下一个模糊的暗色斑点。而这以后利用雷达和深层探测器进行的地质考察，却显示这个斑点只是亚拉腊地区岩石共有的一种异常结构。对诺亚方舟的寻找在80年代末90年代初又重新开始。由于军事档案的解密，美国政府公布了由埃罗斯卫星和U-2间谍飞机拍摄的照片。这些照片显示在3000米高空可隐约看到亚拉腊山俄国一侧山坡终年冰层下的“异物”(专业术语称为“凸起”)。但是，这些照片究竟说明了什么呢?
支持诺亚方舟理论的人十分肯定：这就是诺亚方舟。实际上也的确存在着一些奇怪的巧合：这个"异物"距纳瓦拉找到那块木头的地方只有几百米，而那块木头是在位于"阿赫拉峡谷"附近的埃奇米阿津修道院找到的。可是，在地质学家和美国中央情报局看来，这可能是在公元1000年左右爆发过的一个火山口，或者由于终年冰川中一块巨大的冰下滑导致的不正常的积雪堆积。然而这并非是对诺亚方舟存在论的惟一反驳。这些反驳意见中最重要的一点是，这样一场洪水要淹没一座高5000米的山脉是绝对不可能的。但是，认为诺亚方舟停靠在亚拉腊山的人反驳说，大洪水过后，在公元前3000年，一些难以置信的地壳构造运动可能将这个山脉抬高了。
于是亚拉腊山，尤其是西坡的帕罗特冰川、东北坡的阿赫拉峡谷和阿比科二号冰川成为研究人员偏爱的地方。
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