孔融是孔子的19世孙。
他的七世祖孔霸是汉元帝的老师，官至侍中。父亲孔宙，曾任太山都尉。他少年时便有突出的才能，受到名士李膺的赞许。孔融让梨的故事在 《世说新语笺疏》、《后汉书·孔融传》有所记载。《三字经》中有"融四岁，能让梨"，指孔融小时候就知道把大个的梨给哥哥吃的故事，教育小孩要懂得遵守公序良俗。
长大成人后的孔融开始步入仕途。中平初(185年)，举高第，为侍御史，与中丞不合，托病辞归。后辟司空府为僚属，拜中军候，迁虎贲中郎将。献帝初平元年(190年)，因忤董卓，转为议郎，出至黄巾军最盛的青州北海郡（东汉郡国名，治所在今山东昌乐西）为相，因颇有政声，时人又称他为“孔北海”。兴平二年(195年)，刘备表荐他领青州刺史。建安元年(196年),袁绍之子袁谭攻青州，孔融只身出奔，妻子被俘。
曹操迁献帝都许昌，孔融先后担任将作大匠、少府、太中大夫等职。这时曹操专权，他与曹操政治上颇有分歧。
曹操进攻邺城屠杀邺城居民，袁绍家的妇人女子多被掳掠。曹操的儿子曹丕私自娶了袁熙的妻子甄氏。孔融写信给曹操，说：“武王伐纣，把妲己赏赐给周公。”曹操不明白，后来问孔融这出于何经何典。孔融答说：“按现在的事情量一量，想当然而已。”
建安十二年（207年），曹操北讨乌桓，孔融又讥笑他说：“大将军（曹操）远征，萧条海外，从前肃慎不进贡木苦矢，丁零偷盗苏武的牛羊，可以一并讨伐啊！”当时，饥荒战乱，曹操上表请禁酒，孔融多次写信给曹操，认为不要禁酒，而且言词之中多为傲慢无礼。
孔融已经看到曹操奸雄诡诈，已渐渐显露，愈发不能忍受，所以说话偏激，常常触犯了曹操。又曾经上奏认为应当遵照古时京师的体制，千里以内，不得封建诸侯。曹操怀疑他所谈论的越来越广，更加害怕他。然而，因为孔融名重天下，表面上装着容忍，暗中却嫉忌他正确的议论，怕阻抗自己的大业。
曹操积满了一肚子的猜疑忌妒，加上有人诬陷，曹操于是指使丞相军谋祭酒路粹枉奏孔融以“招合徒众”，“欲图不轨”、“谤讪朝廷”、“不遵超仪”等罪名，派人捉捕孔融全家，孔融问来人，希望能够保全两个幼子，但是其中一位说了一句名言："岂见覆巢之下，复有完卵乎?"
建安十三年八月二十九日（208年9月26日）孔融被处死，并株连全家，孔融时年五十六岁。