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事业单位辞职后以灵活就业缴纳社保，退休时养老金会不会受影响？肯定是会受到影响的，而且影响是非常大的。退休后就是按照灵活就业人员办理退休，灵活就业人员缴纳的是企业职工基本养老保险，退休时不再按照机关事业单位养老保险办理退休。

事业单位工作人员如果是在2014年10月之前辞职的，2014年10月之前的工作年限要视同为缴费年限，但在今后办理退休时，需要提交个人人事档案才能认定，所以辞职以后，一定要将个人人事档案，委托具有档案管理资质的单位进行保管。

如果是在2014年10月以后办理辞职的，除了2014年10月之前的工作年限要视同为缴费年限外，2014年10月之后的实际缴费年限要累计计算为缴费年限。辞职以后以灵活就业人员缴纳养老保险的，在实际缴费以后，要将机关事业单位养老保险转移到企业职工基本养老保险，以前在机关事业单位的缴费年限和灵活就业人员缴纳的缴费年限累计计算为实际缴费年限。由于你辞职以后是按照灵活就业人员缴纳养老保险，没有企业年金，所以在事业单位缴纳的职业年金，只能按照原来的渠道管理到退休时才能领取。

机关事业单位辞职以后，以灵活就业人员身份继续缴纳企业职工养老保险，到了法定的退休年龄时，2014年10月之前在事业单位的工作年限、实际缴费年限、灵活就业人员缴纳养老保险的年限，累计计算为缴费年限。如果辞职的第二个月就开始以灵活就业人员身份缴纳企业职工基本养老保险，对于缴费年限基本上可以做到无缝接轨。

虽然对缴费年限的影响不大，但是缴费基数是有一定影响的。在事业单位工作时，是按照本人的实际工资作为缴费基数，缴费指数都会超过60%以上，大多数人都能达到100%以上；辞职以后由自己按照灵活就业人员的方式缴费，缴费比例是20%，全部需要个人来承担，加上医疗保险的9%左右，个人承担缴费比例达到了29%，和在职时的10%相比，要多承担19%缴费比例。

由于缴费压力的增大，多数人都不会按照100%以上作为缴费基数，而是选择60%作为缴费基数，这样缴费基数和在职时相比会大幅度减少，个人账户余额也会减少，今后的平均实际缴费指数也会减少；虽然视同缴费年限要计算，但是视同缴费指数按照企业职工养老保险的计算办法，不再按照事业单位的办法计算，不再和过去的职务、职级和技术职称挂钩，导致今后的平均缴费指数会降低，从而影响基础养老金和过渡性养老金。

从事业单位辞职以后，不再缴纳职业年金，而职业年金单位缴费部分占了8%，辞职以后过去缴纳的职业年金还存在，但由于以后不再缴纳，职业年金会大幅度减少，辞职退休后，基本养老金会减少，职业年金会减少，总体养老金减少的幅度还是比较大的。

综上所述，事业单位工作人员辞职以后，2014年10月之前的工作年限要视同为缴费年限，2014年10月1日以后的实际缴费年限，和以灵活就业人员身份继续缴纳企业职工基本养老保险要累计计算缴费年限。但由于灵活就业人员缴纳养老保险的缴费基数会低于辞职前的工资，视同缴费年限不再和以前的职务职级挂钩，不再缴纳职业年金，对今后的养老金会有比较大的影响。