综合办公室所涉及的业务细小且繁多，那么有规律的文件方便管理查找。不同机关、企事业的办公室文件分类各不相同。
一、可以先按性质种类区分：
1、行政类〈有关规章制度、事项决策、通知等〉；
2、业务类〈有关业务合同、客户函件等经营事项〉；
3、人事类〈有关人员招聘、安排、奖惩等〉；
4、技术类〈有关技术标准、发展动态、同行业资料等〉；
5、其它类〈不宜归入上述各类的〉。
二、按内外两部分分类：如，行政类，分为上级或外单位来件，及本单位形成件。
注意：某些文件，如有支付内容的合同，财务因结算需要须保存，应明确保管界限划分，必要时可复印同时存档。
如果按照统一标准会更为科学规范。
1 、按照公司领导分管部门，将各部门所产生的报告、请示等文件，均递交至总经办，总经办也将采取专人负责各高管，对口将各部门文件产生文件，统一进行编号、登记、传递，以此方式达到工作对口负责、专人检查落实的目的。
B 、二级分类 ：按照文件类型划分 :
一级类目 ：公司所有资产证据类（ A 表示）
A1 ：合同、协议
A2 ：公司章程、验资报告、账号、授权书、许可证、资产移交等
二级类目 ：公文类 ( B)
B1 ：令、决定、议案：适用于对重要事项或者重大行动作出安排，如：各级人民政府的下发的强制性行政措施、本公司董事会决议、股东会会议纪要等
B2 ：公告；通告；通报：使用与宣布或公布重要事项或应当遵守获证周知的事项，如：上级机构下发的法定事项、社会公告、表彰先进、批评错误、规章制度等
B3 ：请示、皮肤：适用于向上级机关请示指示、批准，答复下级机关的请示事项
B4 ：报告、意见：适用于想上级机关汇报工作，，对重要问题提出见解和处理办法
B5 ：通知、函：适用于批转下级的公文，传达要求下级机关办理和需要有关单位周知或者执行的事项，不相隶属的单位之间商洽工作、询问和问题，如：任免人员等
B6 ：会议纪要：适用于记载、传达会议情况和议定事项
三级类目 ：普通文件类（ C ），其他一般性文件
四级 类目 ：非文本载体的文件（ D ），如照片、软盘及其他声像资料等
按照文件受控类型主要分为受控文档与非受控文档，各类资产证据、秘密文件的原件原则上均属于受控文档，复印件原则上均属于非受控文档，在受控文件的编号前加 K 表示，不加均默认为非受控证件
C 、三级分类 ：按照文件年度划分，以年月的数字代号表示，如 0310 代表 2003 年 10 月
D 、四级分类 ：文件的原件 Manuscript 、复印件 Copy 分别以英文的第一个字母代表，如原件用 M 表示、复印件用 C 表示
以上为一般情况，有项目文件存在的情况下，项目文件单独存放，若项目多，种类也多，则按照项目分类。
首先是建立文件夹结构，主结构涵盖了综合办公室职责清单，具体包括11个一级文件夹、对应建立若干二级文件夹及三级文件夹。
一级文件夹：企业资质（证书）
- 二级文件夹：章程资料
股东资料：身份证明、护照、简历；
公司文件资料：企业文化历史资料、公司章程（含修正案）、股东名录、股东决议、股东转让协议等；
- 二级文件夹：公司证件资料(原件扫描)
营业执照；
组织机构代码；
公司业务相关资质证件：如房地产企业-预售证、建筑工程许可证等，外贸企业-海关许可证、食品经营许可证等；
房屋租赁协议或产权证书等等。
公司证照资料，需额外做好年检、更新工作。
- 二级文件夹：企业大型设备资料
设备台帐、设备技术与使用说明书、合格证明、安装调试记录、运行记录、大修记录、事故记录、技改记录、图纸、计量器具校验等等；
企业产品标准体系、工艺文件、技术规范、质量管理文件、各种质量活动记录、外来标准等等；
- 二级文件夹：企业电子公章、电子法人章
一级文件夹：企业管理制度
- 二级文件夹：管理制度
公司及各部门整套管理制度，如考勤管理制度、绩效管理制度、车辆管理办法、印章管理制度、员工档案管理制度及员工离职管理办法等等。
- 二级文件夹：制度相关常用表格
主要存储制度的附件类表格：如采购申请表、离职申请书、用车申请表等等。
一级文件夹：人事事务
一级文件下，会建立功能齐全的人事管理系统，方便查阅。
- 人事档案
档案存储时，有两种方式：以员工为单位存储和以类别为单位存储。两种存储方式各有优缺点，可以根据各自的习惯选择。
以员工为单位存储方法：按照员工姓名依次建立二级文件夹（员工数量即为二级文件夹数量），分别保存员工的基础资料、考核记载、培训资料、薪资标准资料、工作计划和总结资料、劳动合同及重大活动记载。
以类别为单位存储方法：分别以基础资料、考核记载、培训资料、薪资标准资料、工作计划和总结资料、劳动合同及重大活动记载名称设立二级文件夹，员工个人资料按照此分类归类存储。
其中，员工基础资料包括：员工个人档案、电子寸照、身份证、学历证明、资格证明、业绩证明、离职等;
考核记载包括：如绩效、培训考核等；
劳动合同:聘用合同书；
重大活动记载：如活动、奖惩、照片、培训记载及所获荣誉类等。
- 企业招聘资料
一级文件夹：企业公文
- 二级文件夹：内部通知
本公司发布（含转发）的各种正式文件的签发稿、印制稿等；
- 二级文件夹：红头文件
对外（外来）：上级机关下发的需公司执行的文件，及向上级主管部门的报告、请示，上级批复等文件；
内部红文：根据经营需要，公司下发的经营决策、人事任免、规章制度等；
- 二级文件夹：会议纪要类
重要会议纪要、办公例会纪要等。
一级文件夹：领导资料
比如领导名片、入党信息、简介、电子寸照等等。
该文件夹内包含临时其他类文件，如领导临时安排做某类表格、兄弟单位的某项事务等等。
一级文件夹：公车事宜
该文件夹存放公司所有公务用车的基本信息、驾驶人员签订的车辆使用安全责任书及维修保养纪律等等；
一级文件夹：各部门报表
顾名思义，即是各部门上报各类报表的存放地，如周报表、月计划表、月绩效表、季度销售情况汇总、宣传物料费用明细单等等。
一级文件夹：企业业务资料
每个公司都有主营业务，比如房地产企业，日常的业务资料有制式合同、项目效果图、各楼的基本情况、固定的宣传资料等等；
一级文件夹：企业宣传设计资料
- 二级文件夹：宣传板块
如企业重大活动的新闻稿及图片资料、阶段宣传计划及宣传文案等等；
另有对企业外宣常用合作单位信息、联系电话、提供的服务及费用明细等信息汇总；
- 二级文件夹：设计资料
企业各类外宣的设计原文稿，如画册、横幅、喷绘、彩页、logo、企业VI及展示展板等；
一级文件夹：办公室日常文档
物品管理：办公用品、低值易耗品、办公室设备采购、分发、登记及核查管理工作；
介绍信；
常用外联电话单；
日常事务用户名及密码等。
一级文件夹：合同文件
一级文件下，会建立合同管理汇总表格，记录各类合同的签订时间、合同对方、合同金额、签订事项等信息。并且，也会详细保存合同相关的供方资料（扫描件）、客户资料（扫描件）及重要合同扫描版。