海关的检查方式是检查有机检查、人工检查、机器检查、人工检查等多种情况。

通过机器检查检查、医院拍摄x光片或地铁安检、通过的机器检查扫描生成图像，并在中央审查中心分析是否有可疑物品。人工检查由人工检查部门在各海关检查现场完成。机器检查手动检查，机器检查检查完成后，文件自动进入手动检查环节，由各海关检查现场的手动检查部门完成。

海关检查的内容主要是确认是否与申报的资料相符、品名、数量、重量、申报价值等信息、欺诈税、探伤、HS代码分类错误等。海关检查本身不收取费用，但检查时将货物转移到海关指定的检查场或分割包装利用码头资源的费用应由货主承担。