一、自我管理通关
自行申报企业进行网络输入、申报、查询、打印申报单、网络查询、海关收据等。
业务流程：
1、自行管理海关单位输入业务流程：
(1)持有“输入海关申报单”卷操作者卡的操作者进入中国电子港“输入海关申报单”界面后，可以先下载该企业的免税证明、加工贸易手册或加工区记录单，然后脱机输入海关申报单数据(数据准备在当地数据库中)。
(2)输入并提交后，将输入的申报数据信息上传到数据中心，进入自我管理的申报审核申报业务流程。
2、自行管理的海关审计和申报业务流程：
自我管理申报机构允许“申报审计申报”卷运营商卡运营商进入中国电子港的“申报审计申报”界面，审查申报书的逻辑性、申报规范性，向海关申报。如果审计失败，则必须在本地下载和修改申报单，必须将修改后的申报单重新上传到数据中心，并且必须重新审查。审查通过后，进入自我管理申报确认业务程序。
3、申报自我管理以确认业务流程：
(1)持有“申报申报确认”卷运营卡的企业管理人员进入中国电子港“申报确认”界面，进行申报确认申报工作，“申报确认”后，申报单通过公共数据中心传递海关内部网。确认申报时，如果认为填写申报单不符合逻辑，则需要在本地下载申报单数据并进行修改，修改后需要将数据重新上传到数据中心，再次进行审计和申报确认。
(2)自行管理的海关机构打印经海关审查通过的海关申报单，并携带其他文件到海关办理其他通关手续。
二、委托申报
受理委托申报的单位有：
1.专门提供通关服务的企业，即专门的通关企业。
2.兼营外贸仓库、国际运输工具、国际运输工具服务及代理等业务，兼营报关服务业务的企业，即代理报关企业。
接受委托申报的机关代理办理的通关手续。其中包括输入申报单时的数据下载合同、申报单审核委托书、申报单申报委托书或申报单审核申报和申报确认委托书。向海关签发委托机关的通关委托书。
输入海关申报单\ \申报子系统由进出口机构通过互联网填写申报委托书或记录数据下载合同，并委托能够代理申报业务的机构办理海关申报业务(如输入海关申报单、审核申报单、申报单或审核和申报单)。有权办理代理通关业务的单位可以在网络上受理和确认委托机关的通关委托申请，在文件数据下载协议和通关委托书的许可范围内，可以在代理委托机关网络上办理相应的通关业务。
委托申报联机业务流程(在执行此操作之前，必须按照联机委托业务流程设置委托关系):
1、机构海关申报表输入业务流程：
(1)代理申报机构持有“申报单输入权”运营卡的运营者进入中国电子港“申报单输入”界面，在文件数据下载合同的批准范围内，下载本委托单位的征收免税证明、加工贸易手册或加工区记录清单后，离线输入申报单数据(数据准备在当地数据库中)；
(2)输入并提交后，将输入的申报单数据信息上传到数据中心。
2、机构海关审计申报业务流程：
代理通关机构允许“申报单审计申报”卷运营卡运营商进入中国电子港的“申报单审计申报”界面，审查申报单的逻辑性、申报规范性，以便向海关申报。为了变更，需要在本地下载海关申报单，修改后的申报单需要重新上传到数据中心，需要重新审查。审查通过后，进入自我管理申报确认业务程序。
3、机关海关申报确认业务流程：
(1)代理申报机构持《申报申报确认》卷运营人卡的企业管理人员进入中国电子港“申报确认申报确认”界面进行申报确认申报，在“申报确认”后，申报书通过公共数据中心传递海关内部网。确认申报时，如果认为填写申报单不符合逻辑，则需要在本地下载申报单数据并进行修改，修改后需要将数据重新上传到数据中心，再次进行审计和申报确认。
(2)代理通关机关打印经海关审查通过的申报单，并携带其他文件到海关办理其他通关手续。
三、转移运输提前输入、申报业务
海关申报单输入、申报子系统提供自我管理申报企业、专业通关企业、代理通关企业网上处理所需的通关运输预输入、申报业务，但代理通关企业、专业通关企业应适用该系统，在运输申报单、通关运输申报单的预输入、申报时，通过该系统与委托方事先签订委托通关协议。
网上转移运输输入、报告业务流程：
1.自主申报企业移交运输输入，申报互联网业务流程。和互联网自主申报业务流程差不多。
2.代理报关企业通关运输输入，申报互联网业务流程。类似于委托通关业务在线流程。
四、海关申报单目录输入申报业务。
输入海关申报单列表\ \申报子系统将提供给IT企业或其他需要海关申报单列表业务的企业。主要功能包括输入海关申报单目录、申报等。全面查询海关申报单清单；确认海关收据
询等。网上报关单清单业务流程：
1、报关单清单单位的录入员进入中国电子口岸“报关清单”页面，下载备案数据后，脱机录入报关单清单，录入完毕，将所录的报关单清单数据信息上载到数据中心；
2、报关单清单单位的操作员持有操作员卡进入中国电子口岸“报关清单”页面，查询所上载报关单清单的回执信息。如该报关单清单回执状态为已通过，则下载已通过的报关单清单，以进行报关单的操作。
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