军机处作为封建君主专制达到顶峰的标志，其何时成立成为了一个重要问题。由于军机处是因事设制的临时机构，其自诞生起就摆脱了官僚体系的低效、壅滞、繁琐的毛病，极大加强君主专制的便利性。军机处并非按正常制度设立的机构，准噶尔战事平定之后理应裁撤，但统治者已使用的得心应手，反而继续扩大了军机处的权力，使其超越议政王大臣会议、内阁，成为有清一代最核心的政治部门。军机处的设置时间，不同的史料上有不同的说法，如《清史稿·职官志》载：“雍正十年，用兵西北，虑儤值者泄密，始设军事房，后改军机处。”《清史稿》中的《军机大臣年表》称：“雍正七年六月始设军机房，十年三月改称办理军事处。”王昶的《军机处题名记》记载的则是雍正七年。梁章矩的《枢垣记略》记载“自雍正庚戌(雍正八年，1730年)设立军机处”。
由此，学界对于军机处成立的时间认识不一，一般而言有三种看法：多数认为是雍正七年六月，但也有学者认为是雍正八年或者雍正七年，还有部分学者认为是雍正四年。对这一问题，有不少前辈学人进行了详尽的考证，但雍正时期草创军机处，这一点是无可置疑的。
雍正时期的军机处，由于并非是正式的官方机构，而且属于为军需筹划而应急建立的临时性机构，以至于“直庐初仅板屋数间”，尚属草创阶段，并且有很强的秘密性，因此对这一时期军机处的记载相对简略，而且彼此矛盾冲突之处亦不少。如对军机处前身名称就有几种不同的记载，《清朝通典》称其为“办理军机处”;《内阁志》称其为“军需房”;《清史稿》称其为“军机房”。
经学界考证，关于军机处的设立，目前已知的最早的记载，是乾隆时王昶和赵翼的著述。王昶的《军机处题名记》记载：“雍正七年，青海军兴，始设军机房，领以亲王、大臣予银印，印藏内奏事太监，有事请而用之。”“军机处盖古者知制诰之职，其制无公署，大小无长官……”;赵翼的《檐曝杂记》记载：“雍正年间，用兵西北，以内阁在太和门外儤直者多，虑漏泄事机，始设军需房于隆宗门内，选内阁中书之谨密者人值缮写，后名军机处。”学界根据史料进行了大量的考证和辩驳，基本认同军机处设立于雍正八年。